Fokstugu Fjellstues historiske røtter er nært sammenvevd med pilegrimsvandringens begynnelse i Norge. Det var kong Øystein Magnusson, som rundt 1120 iverksatte byggingen av sælehus, for å gi de første pilegrimene som var på vei til hellige Olavs grav i Nidaros, en sjanse til å komme levende over Dovrefjell. Overlevelse har siden da vært nøkkelordet for Fokstugus eksistens, akkurat som ansvaret for å ta imot og hjelpe ferdafolk og vandrere. Fokstugu var skysstasjon fram til 1930-tallet.